Онода был призван в армию в 1942 году и окончил офицерскую школу по курсу партизанско-диверсионной войны.
Со спецзаданием он был в 1944 году направлен на филиппинский остров Лубанг, где со своим отрядом действовал против американцев в джунглях. В 1945 году Онода видел листовки, рассказывающие о капитуляции Токио, однако считал их вражеской дезинформацией. Со своим небольшим отрядом уже после войны он совершил десятки нападений на американские и филиппинские армейские объекты, полицейские участки, отнимал продовольствие у крестьян. В результате таких вылазок были убиты более тридцати военных и гражданских лиц.
Постепенно погибли или сдались все подчиненные Оноды, и он долгие годы продолжал воевать один. В джунглях на него случайно натолкнулась японская поисковая группа, однако младший лейтенант не поверил ее рассказам. Тогда в Токио разыскали его непосредственного командира, который в форме уже не существовавшей армии прибыл на Лубанг в 1974 году и приказал Оноде прекратить боевые действия. Тот сдался и ждал смерти, однако власти Филиппин по настоятельным просьбам Токио помиловали его за совершенные преступления.
В Японии Онода со временем стал достаточно успешным предпринимателем — он создал популярную спортивную школу, в которой учил детей и подростков искусству выживания в лесу. Написал несколько книг. Случай с Онодой был не единичным — на Филиппинах и в других странах Юго-Восточной Азии некоторые японские военные также скрывались в джунглях, хотя и не так долго, как легендарный младший лейтенант.